iPhoneユーザの方お待たせしました。って感じですね。
ソフトウェアトークンのiOS9.2対応版が出ました。
公式 → 【重要】iOS9.2対応版ソフトウェアトークンリリースのお知らせ(12/14)

ただ、すぐに飛びつかないで、公式を熟読してからにしましょう。
トークン更新
このアプリは更新後、一度アプリを起動することでiOS9.2への対応が完了するようです。先に9.2へアップデートしてしまうと、アプリが起動できなくなってしまうとのことです。
ですから、公式の手順に従って
1.アプリ更新
2.アプリ起動(起動後にソフトウェアトークンのVer情報を確認したほうがいいと思います) ※1
3.確認後iOSのアップデート
という手順を守らないといけないようです。普通ですとアプリ起動とかせずに次に進んでしまいそうになるので注意しましょう。

これに失敗すると、トークンの強制解除が必要となります。強制解除には強制解除パスワードが必要となってきますので、作業前に必ず強制解除パスワードを取得して保管しておきましょう。
いざ、これが必要になってから取得しようとしても公式にログインするためにワンタイムパスワードが必要となるので取得できません。
もし、こうなってしまった場合はスクエニのサポートに連絡して、解除してもらうしか手段がなくなりますので、十分に注意しましょう。

なお、公式にも書かれていますが、強制解除パスワードはスマホの故障や交換などでも必要となってきますので、関係ない人も必ず取得して大事に保管しておきましょう。

追記:
※1 更新後バージョンについて気になったので、青山ディレクターのTweetにリプしてみたところ、早速回答いただけました。ありがとうございます。



不安なのでもうしばらく様子見します